Tijekom završnog 8. razreda osnovne škole, učenici s teškoćama u razvoju idu na profesionalno usmjeravanje pri Hrvatskom zavodu za zapošljavanje koje po završetku istog dostavlja svoje mišljenje na kojem navodi najviše 6 srednjoškolskih obrazovnih programa/kurikula.  

Odlukom o upisu učenika u 1. razred srednje škole koju Ministarstvo znanosti, obrazovanja i mladih donosi za svaku školsku godinu određuje se ljetni i jesenski rok za upis učenika s teškoćama u razvoju koji prethodi redovitim rokovima za upis učenika. U navedenim rokovima učenici s teškoćama u razvoju mogu prijaviti samo obrazovne programe koje im je predložio tim za profesionalno usmjeravanje Hrvatskog zavoda za zapošljavanje. Navedeni obrazovni programi prema prioritetima učenika prijavljuju se preko županijskih upravnih odjela nadležnih za obrazovanje odnosno Gradskog ureda za obrazovanje, sport i mlade Grada Zagreba. Navedeni rokovi ne znače izravan upis jer se u jedan razredni odjel može upisati najviše 3 učenika s teškoćama u razvoju što znači da se u rokovima za upis učenika s teškoćama u razvoju se oni međusobno „natječu“, odnosno rangiraju prema ostvarenim bodovima.  

Učenici s teškoćama u razvoju koji ne ostvare upis u rokovima za upis učenika s teškoćama u razvoju mogu prijavljivati kao i ostali učenici srednjoškolske programe u redovitim rokovima. Tada ne moraju više prijavljivati samo programe koje je predložio Hrvatski zavod za zapošljavanje. 

Bitno je voditi računa na koji način se prijavljuje poredak prioriteta odnosno srednjoškolskih obrazovnih programa – na mjesto broj 1 stavlja se program koji se primarno želi upisati, na mjesto broj 2 program koji predstavlja drugi izbor učenika i tako redom. Bitno je voditi računa i da učenici prijave samo one programe koje žele upisati u obrazovnim programima u kojima se žele školovati. 

Postupak upisa se kao i kod ostalih učenika provodi elektroničkim načinom preko mrežne stranice Nacionalnoga informacijskog sustava prijava i upisa u srednje škole (NISpuSŠ). Bitno je voditi računa o svim rokovima koji su navedeni svake godine u Odluci u upisu u 1. razred srednje škole koju donosi Ministarstvo znanosti, obrazovanja i mladih počevši od registracije kandidata s teškoćama u razvoju izvan redovitog sustava obrazovanja RH putem srednje.e-upisi.hr 

U postupku provedbe elektroničkih prijava i upisa u srednje škole pripremne i druge radnje provode upisna povjerenstva osnovnih i srednjih škola, upravni odjeli nadležni za obrazovanje u županijama, odnosno Gradski ured za obrazovanje, sport i mlade Grada Zagreba, CARNET i Ministarstvo turizma i sporta. 

Redoviti učenik osnovne škole u Republici Hrvatskoj može podnijeti prigovor svom razredniku zbog netočno navedenih zaključnih ocjena iz nastavnih predmeta, osobnih podataka ili podataka na temelju kojih se ostvaruju dodatna prava za upis i zatražiti njihov ispravak. 

Učenici koji osnovno obrazovanje ne završavaju kao redoviti učenici osnovne škole u Republici Hrvatskoj (kandidati koji osnovno obrazovanje završavaju ili su završili u inozemstvu ili drugim obrazovnim sustavima; kandidati koji su se ispisali te žele ponovno upisati prvi razred; kandidati koji su prethodne školske godine završili osnovno obrazovanje u Republici Hrvatskoj, ali se nisu upisali u srednju školu) prijavljuju se CARNET-u na način opisan na mrežnoj stranici https://srednje.e-upisi.hr. 

Kandidat koji nema status redovitog učenika osnovne škole u Republici Hrvatskoj (kandidat koji osnovno obrazovanje završava ili je završio u inozemstvu ili drugim obrazovnim sustavima; kandidat koji se ispisao te želi ponovno upisati prvi razred; kandidat koji je prethodne školske godine završio osnovno obrazovanje u Republici Hrvatskoj, ali se nije upisao u srednju školu) može zbog netočno unesenih ocjena ili osobnih podataka podnijeti prigovor CARNET-u koji je unio podatke. 

U slučaju da nisu ispravljeni netočno uneseni podaci, učenici i ostali kandidati mogu podnijeti pisani prigovor CARNET-ovoj službi za podršku obrazovnom sustavu na obrascu za prigovor koji je dostupan na mrežnoj stranici NISpuSŠ-a.